寄宿着昔日艦艇之魂的少女們，是謂「艦娘」。 對於深海而來被稱作敵對艦艇集群「深海棲艦」的異形敵人，艦娘是唯一能同他們對抗的存在。她們投身於戰鬥，保衛着人們和大海。 然而，面對深海棲艦壓倒性的數量優勢，艦娘們非死即傷，戰局不斷倒向深海一方。 此時，驅逐艦「時雨」被編入了一支新的艦隊。 這支艦隊被稱為「第一游擊部隊 第三部隊」（1YB3H）。但此艦隊幾乎能用「東拼西湊」來形容：艦隊成員僅有被配置於後方的舊式戰艦「山城」、「扶桑」，唯一的航空巡洋艦「最上」，以及四艘驅逐艦。 作為集中剩餘部隊的戰力，憑一戰來逆轉局勢起死回生的戰略的一部分，為掩護主力部隊，時雨與1YB3H的大家執行近乎誘餌的任務，向着命運的海峽出擊。在日趨激烈的戰鬥之中，等待她們的將會是——