地球上的人類被一種名為“Savage”的神秘生命體侵略，唯一能對抗“Savage”的只有名為“百武裝”的兵器。為了利用“武藝者”待遇來替妹妹治病的如月隼人，決定進入海上學園都市艦“Little Garden”就讀，併在那裡遇見一名陌生卻對他所知甚詳的室友艾米莉亞·漢密特。隼人、艾米莉亞和“Little Garden”的伙伴與“Savage”的戰鬥就此開始。