039年、人類由暖化伴隨的海面急劇上升、在陸上失去了龐大版圖。 猶如與其呼應、雲纏霧繞的謎之軍艦群「霧之艦隊」出現在世界各地的海洋、以搭載之超兵器開始攻擊人類船艦。 人類投入持盈履滿的戰力、面臨最終決戰"大海戰"、反在"霧"的壓倒性武力前脆弱地落敗。 全海域、搬運途徑都遭"霧之艦隊"封鎖、政治經濟於是崩壞、人類走回疲弊一路─────── 自"大海戰"後七年。 士官候補生・千早群像面前浮現了"霧之艦隊"的潛水艦"I-401"。 該是敵人的"I-401、會對與其MENTAL MODEL"IONA"相逢之群像、以及人類帶來什麼呢？