KOF99的事件後,謎之秘密結社[NESTS]暴露其存在已過了一段日子了。但是自那時開始,NESTS好象隱蔽起沒有舉行類似活動,與NESTS對照,世界頻繁發生恐怖活動事件,海頓等軍事雇傭兵發現那些恐怖活動其實就是NESTS暗中安排策劃的,KOF2001即將展開……