《蠟筆小新：謎案！天下春日部學院的怪奇事件》故事講述小新一行人在風間的邀請下，來到了超級菁英學校「天下春日部學院」進行為期一周的體驗入學，風間打算拿下好成績並取得入學資格，但小新卻一直在扯後腿。 兩人在大吵一架後，風間生氣地跑出宿舍，卻被發現倒臥在崩塌的鐘樓，而醒來之後，風間竟然變成了一個超級大笨蛋？為了解開真相，小新一行人組成「春日部偵探社」，在找尋真相的過程中，又會發生什麼爆笑的事情呢？