該作是《魔法少女奈葉》系列首次以男角色為主的作品。背景設定在新歷0081年（即《魔法少女奈葉StrikerS》的JS事件的6年之後，廣播劇《魔法少女奈葉StrikerS Sound stage X》的瑪利亞治事件的3年之後），獨自一人周遊世界的男主角托馬·阿凡尼爾，在遺跡中與謎一般的少女莉莉·修特羅傑克相遇，之後二人又與艾希絲·伊古雷特偶然相遇；托馬被捲入了包括「銀十字之書」和「蝕」在內的一連串不幸的事件中……